Detección del SARS-CoV-2 mediante RT-qPCR utilizando saliva en pacientes ambulatorios con estudio de COVID-19

Resumen Introducción: La pandemia de COVID-19 ha afectado a millones de personas en todo el mundo. La identificación de sujetos infectados ha sido importante para el control. Objetivo: Evaluar el rendimiento de una reacción de polimerasa en cadena (RPC) cuantitativa en tiempo real (en inglés: RT-qPCR) para SARS-CoV-2, utilizando saliva como matriz en comparación con un hisopado nasofaríngeo (HNF). Metodología: Se reclutaron adultos en atención ambulatoria, la mayoría sintomáticos. Fueron estudiadas 530 muestras pareadas de saliva e HNF con RT-qPCR. Resultados: Fueron positivas 59 muestras de HNF y 54 de saliva. La sensibilidad con saliva fue 91%, especificidad 100%, el valor predictor positivo (VPP) 100%, valor predictor negativo (VPN) 98%. El índice Kappa fue de 0,95 y LR-0,08. En promedio, el umbral de ciclo (en inglés cycle threshold-CT) de la saliva fue 3,99 puntos más alto que los de HNF (p < 0,0001) mostrando que la carga viral (CV) es menor en saliva. La carga viral en ambas disminuyó con el tiempo después del inicio de los síntomas. El muestreo de saliva fue preferido por los sujetos en lugar de HNF. Conclusión: Este estudio demuestra que la RPC para SARS-CoV-2 utilizando saliva, es adecuada para el diagnóstico de COVID-19 en adultos ambulatorios, especialmente en la etapa temprana de los síntomas.

Abstract Background: The COVID-19 pandemic has affected millions of people around the world. Part of control strategies is testing a large proportion of the population to identify and isolate the infected subjects. Aim: To evaluate the SARS-CoV-2 detection by the performance of a reverse transcription and quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR) against SARS-CoV-2, using saliva as a matrix compared to a nasopharyngeal swab (NPS) to simplify obtaining a diagnostic sample. Methods: Adults in outpatient care were recruited, 95% of them symptomatic. We studied 530 paired saliva and NPS samples by SARS-CoV-2 RT-qPCR. Results: Fifty-nine individuals tested positive in NPS and 54 in saliva samples. Sensitivity for saliva sample was 91%, specificity 100%, positive predictive value (PPV) 100%, negative predictive value (NPV) 98%. The Kappa index was 0.95 and LR-0.08. On average, the cycle threshold (CT) of saliva was 3.99 points higher than those of NPS (p < 0.0001) showing that viral load (VL) is lower in saliva than in NPS. Viral load in both decreased over the time after onset of symptoms. Saliva sampling was preferred by subjects instead of NPS. Conclusion: This study demonstrates that SARS-CoV-2 RT-qPCR using saliva, even with lower VL, is suitable for the diagnosis of COVID-19 in outpatient adults, especially at early stage of symptoms.

Recomendaciones para el diagnóstico y manejo de la infección por citomegalovirus en la mujer embarazada y el recién nacido / Recommendations for the diagnosis and management of cytomegalovirus infection in pregnant woman and newborn infant

Resumen La Sociedad Chilena de Infectología, a través de su Comité de Infecciones Neonatales, en conjunto con la Sociedad Chilena de Obstetricia y Ginecología, proponen un documento de diagnóstico y manejo de la Infección por Citomegalovirus en la Mujer Embarazada y el Recién Nacido. Esta guía aborda el manejo de la infección en el binomio, su enfrentamiento diagnóstico y terapéutico, orientado al equipo de salud que atiende a mujeres embarazadas y recién nacidos con infección por citomegalovirus (CMV) en Chile. Considera la situación epidemiológica global y latinoamericana, con recomendaciones para la evaluación clínica y de laboratorio; establece criterios de diagnóstico, propone enfoques terapéuticos de acuerdo a la situación clínica, analiza las medidas de prevención y establece una propuesta nacional para el seguimiento de esta enfermedad. Se ha puesto especial énfasis en entregar, de forma práctica, y con la mayor evidencia posible, las recomendaciones para el manejo del binomio con infección por CMV.

Abstract The Chilean Society of Infectology, through its Neonatal Infections Committee in conjunction with the Chilean Society of Obstetrics and Gynecology, propose a document for the Diagnosis and Management of Cytomegalovirus Infection in Pregnant Woman and Newborn Infant. This guideline suggests the management of mother and child infection, its diagnostic and therapeutic options. Considers the global and Latin American epidemiology, with recommendations for clinical and laboratory evaluation; diagnostic criteria, therapeutic approaches according to the clinical situation, analyzes prevention measures and establishes a national proposal for monitoring this disease.

Recomendaciones para el diagnóstico y el manejo de la infección por citomegalovirus en la mujer embarazada y el recién nacido / Recommendations for the diagnosis and management of cytomegalovirus infection in pregnant women and newborns

Resumen La Sociedad Chilena de Infectología, a través de su Comité de Infecciones Neonatales, en conjunto con la Sociedad Chilena de Obstetricia y Ginecología, proponen un documento de diagnóstico y manejo de la infección por citomegalovirus (CMV) en la mujer embarazada y el recién nacido. Esta guía aborda el manejo de la infección en el binomio, su enfrentamiento diagnóstico y terapéutico, orientado al equipo de salud que atiende a mujeres embarazadas y recién nacidos con infección por CMV en Chile. Considera la situación epidemiológica global y latinoamericana, con recomendaciones para la evaluación clínica y de laboratorio; establece criterios de diagnóstico, propone enfoques terapéuticos de acuerdo a la situación clínica, analiza las medidas de prevención y establece una propuesta nacional para el seguimiento de esta enfermedad. Se ha puesto especial énfasis en entregar, de forma práctica, y con la mayor evidencia posible, las recomendaciones para el manejo del binomio con infección por CMV.

Abstract The Chilean Society of Infectology, through its Neonatal Infections Committee in conjunction with the Chilean Society of Obstetrics and Gynecology, propose a document for the Diagnosis and Management of Cytomegalovirus Infection in Pregnancy and Newborn. This guideline suggests the management of mother and child infection, its diagnostic and therapeutic options. Considers the global and Latin American epidemiology, with recommendations for clinical and laboratory evaluation, diagnostic criteria, therapeutic approaches according to the clinical situation, analyzes prevention measures and establishes a national proposal for monitoring this disease.

Respuesta inmune humoral inducida por la vacuna influenza en niños con diagnóstico de leucemia linfoblástica aguda / Humoral immune response induced by influenza vaccine in children with acute lymphoblastic leukemia

Resumen Introducción: Los pacientes con leucemia linfoblástica aguda (LLA) tienen alto riesgo de influenza grave y la vacunación es altamente recomendada. La inmunogenicidad y efectividad de la vacuna es menor comparada a los sujetos sanos. Objetivo: Evaluar la respuesta inmune inducida por vacuna anti-influenza en niños con LLA y observar su efectividad. Métodos: Se reclutaron niños con LLA en terapia de mantención y niños sanos. Se tomaron muestras de sangre el día de la vacuna (D0) y al día 28 (D28), y se realizó test de inhibición de hemaglutinación (IHA) contra H1N1. Los pacientes fueron seguidos por un año, registrando datos clínicos y episodios de influenza. Resultados: Se incluyeron 34 niños con LLA y 9 niños sanos. Respecto al IHA en D28, 12/34 pacientes y 5/8 niños sanos presentaron títulos ≥ 1/40, resultando una tasa de seroprotección de 35 y 63%, respectivamente. Los niños seroprotegidos eran significativamente mayores. Durante el seguimiento, sólo tres pacientes, no seroprotegidos, presentaron infección por influenza, ninguno requirió oxigeno o cuidados intensivos. Discusión: Los niños con LLA alcanzaron una tasa seroprotección más baja que la observada en niños sanos. Sin embargo, ninguno de los niños seroprotegidos presentó infección por influenza, reforzando la recomendación de vacunación anual.

Abstract Background: Patients with acute lymphoblastic leukemia (ALL) have high risk of severe influenza infection and vaccination is highly recommended. The immunogenicity and effectiveness of vaccination are lower than in healthy people. Aim: To evaluate the immune response induced by influenza vaccine in children with ALL and observe effectiveness. Method: Children with ALL in maintenance phase and healthy children were recruited. Blood samples were taken at vaccination day (D0) and at day 28 (D28). Humoral response was evaluated by hemaglutination inhibition test (HAI) against H1N1. Patients were followed up for one year, clinical data and influenza episodes were recorded. Results: 34 children with ALL and 9 healthy children were included. Concerning HAI on D28, 12/34 patients and 5/8 healthy children had titers ≥ 1/40, with seroprotection rates of 35 and 63% respectively. Seroprotected children were older than non-seroprotected ones. During follow-up, only 3 patients non seroprotected, presented influenza infection, without oxygen supplementation or critical care support. Discussion: Children with ALL had a lower seroprotection rate than healthy children. Nevertheless, none of the seroprotected children presented influenza infection, reinforcing the annual vaccination recommendation.

Modelo computacional interactivo, semi-automatizado y de código abierto aplicado a la vigilancia de virus respiratorios / Interactive, semi-automatized and open source computational model applied to respiratory viruses surveillance

Resumen Las infecciones respiratorias agudas (IRA) causadas por virus son una importante causa de morbilidad y mortalidad en el mundo, afectando principalmente a niños y adultos mayores. Se asocian a un alto número de consultas y hospitalizaciones, a una significativa sobrecarga del sistema de salud y a un alto costo económico. La vigilancia de virus respiratorios tiene el potencial de ayudar a optimizar la respuesta sanitaria, garantizar la disponibilidad de recursos humanos, racionalizar los recursos y disminuir los costos asociados a la atención en salud. Con el objetivo de optimizar la recolección y visualización de los datos de nuestro actual sistema de vigilancia de virus respiratorios, se diseñó una plataforma basada en R y sus paquetes Shiny, que permite la creación de una interfase web interactiva y amigable para la recolección, análisis y publicación de los datos. Se ingresaron a esta plataforma los datos de la red de vigilancia metropolitana de virus respiratorios disponibles desde 2006. En esta plataforma, el investigador demora menos de un minuto en registrar los datos. El análisis y publicación es inmediato, llegando a cualquier usuario con un dispositivo conectado a Internet, quien puede elegir las variables a consultar. Con un costo muy bajo, en poco tiempo y utilizando el lenguaje de programación R, se logró crear un sistema simple e interactivo, disminuyendo el tiempo de carga y análisis de datos de forma considerable, posiblemente aumentando el impacto y la disponibilidad de esta vigilancia.

Abstract Acute respiratory infections (ARI) are an important cause of morbidity and mortality worldwide, affecting mainly children and the elderly. They are associated with a high economic burden, increased number of medical visits and hospitalizations. The surveillance of the circulation of respiratory viruses can reduce the health care associated costs, and to optimize the health response. A platform based on R and its package Shiny was designed, to create an interactive and friendly web interface for gathering, analysis and publication of the data. The data from the Chilean metropolitan respiratory viruses surveillance network, available since 2006, was uploaded into the platform. Using this platform, the researcher spends less than 1 minute to upload the data, and the analysis and publication is immediate, available to be seen by any user with a device connected to Internet, who can choose the variables to be displayed. With a very low cost, in a short time, and using the R programming language, it was possible to create a simple, and interactive platform, considerably decreasing the upload and analysis time, and increasing the impact and availability of this surveillance.

Consenso sobre riesgo de complicaciones infecciosas en pacientes usuarios de medicamentos biológicos seleccionados. Parte I / Consensus of infectious complications in patients treated with selected biological therapies: first Part

Resumen La incorporación de terapias biológicas ha significado un gran avance en el manejo de diversas patologías de origen autoinmune, neoplásico u otros. Si bien su uso ha implicado mejoras significativas en el pronóstico de estas enfermedades, no está exento de complicaciones, entre estas, las infecciosas. El objetivo de este consenso fue evaluar el perfil de seguridad, desde la mirada infectológica, de las terapias biológicas de uso más frecuente y dar recomendaciones para la prevención de infecciones en pacientes tratados con ellas, basándose en la evidencia de mayor calidad disponible para los biológicos seleccionados. El consenso cuenta de dos manuscritos. Esta primera parte detalla los riesgos de desarrollar complicaciones infecciosas dependiendo del tipo de biológico utilizado para determinada patología. La revisión incluyó búsqueda amplia en MEDLINE y Epistemonikos de revisiones sistemáticas y meta-análisis de estudios clínicos controlados y caso/control que examinaban infecciones posteriores al tratamiento con anti-TNF alfa, anti-CD20, anti-CD52, CTLA4-Ig y anti-integrinas. Esta búsqueda se complementó con revisión de cohortes multicéntricas de usuarios de biológicos, del MMWR del CDC, Atlanta, E.U.A. y de registros nacionales y/o de sociedades científicas en la que se hiciera mención a complicaciones infecciosas derivadas del uso de biológicos.

The use of biological therapies has meant a great improvement in the management of several conditions like autoimmune, neoplastic or others diseases. Although its use has implied significant improvements in the prognosis of these diseases, it is not exempt from complications: infectious diseases as one of them. The objective of this consensus was to evaluate, from an infectious viewpoint, the safeness of the most frequently used biological therapies and give recommendations for the prevention of infections in patients treated with these drugs. These recommendations were based on the highest quality evidence available for the selected biologics. The consensus counts of two manuscripts. This first part details the risks of developing infectious complications depending on the type of biological used for a certain pathology. This evaluation included a broad search in MEDLINE and Epistemonikos of systematic reviews and meta-analyzes of controlled clinical trials and casecontrol examining post-treatment infections with anti-TNF alpha, anti-CD20, anti-CD52, CTLA4-Ig and anti-integrins. The research was complemented by a review of: multicentre cohorts of biological users, the MMWR of the CDC, Atlanta, U.S.A., and national registers and scientific societies in which infectious complications derived from the use of biological therapies were mentioned.

Consenso sobre riesgo de complicaciones infecciosas en pacientes usuarios de medicamentos biológicos seleccionados. Parte II: Guía clínica chilena de Prevención de Infecciones Asociadas al Uso de Terapias Biológicas (PREVITEB) / Consensus of infectious complications in patients treated with selected biological therapies. Screening of hepatitis B in high risk Chilean and immigrant pregnant women: Management of mother to child transmission Second part: Chilean Guidelines for Prevention of Infections associated to use of Biological Therapies (PREVITEB)

Resumen La incorporación de terapias biológicas ha significado un gran avance en el manejo de diversas patologías de origen autoinmune, neoplásico u otros. Si bien su uso ha implicado mejoras significativas en el pronóstico de estas enfermedades, no está exento de complicaciones, entre éstas, las infecciosas. El objetivo de este consenso fue evaluar el perfil de seguridad, desde la mirada infectológica, de las terapias biológicas de uso más frecuente y dar recomendaciones para la prevención de infecciones en pacientes tratados con ellas, basándose en la evidencia de mayor calidad disponible para los biológicos seleccionados. El consenso cuenta de dos manuscritos. Esta segunda parte corresponde a la guía clínica que detalla estas recomendaciones mediante estrategias de cribado, terapias profilácticas e indicación de vacunas, según corresponde, para infecciones bacterianas, y por micobacterias en particular, virus, hongos y parásitos, tanto para adultos como para niños.

The use of biological therapies has meant a great improvement in the management of several conditions like autoimmune, neoplastic or others diseases. Although its use has implied significant improvements in the prognosis of these diseases, it is not exempt from complications: infectious diseases as one of them. The objective of this consensus was to evaluate, from an infectious viewpoint, the safeness of the most frequently used biological therapies and give recommendations for the prevention of infections in patients treated with these drugs. These recommendations were based on the highest quality evidence available for the selected biologics. The consensus counts of 2 manuscripts. This second part is a guideline that details these recommendations through screening strategies, prophylactic therapies and vaccines indications for bacterial, mycobacterial, viral, fungal and parasitic infections, both for adults and children.

Infectious endocarditis by Bartonella species: report of two cases / Endocarditis infecciosa por Bartonella: descripción de dos casos en Chile

ABSTRACT Infectious endocarditis (IE) by Bartonella species is an emerging problem worldwide. We report two cases of native valve Bartonella-associated IE events, both affecting adult male patients with a history of alcohol abuse and a low socioeconomic status. Admissions were due to pancytopenia and bleeding in one case and embolic stroke in the other. Blood cultures were negative and IgG indirect immunofluorescence assays (IFA) were positive for B. henselae/B. quintana in high titers (1/16,384-1/16,384, and 1/32,768 -1/16,384, respectively). Cases were classified as definitive IE events according to modified Duke criteria due to the presence of valve vegetations with at least three minor criteria. One patient required aortic mechanical valve replacement and survived, and the other died after a massive hemorrhagic transformation of his stroke. PCR amplification and sequencing of the 16S ribosomal bacterial DNA from a valve tissue sample obtained at surgery in the patient who survived, confirmed B. quintana as the etiological agent. Bartonella-associated IE is an emerging problem in Chile, present in disadvantaged populations. It should be suspected in patients with culture-negative IE. IFA does not discriminate between B. henselae and B. quintana infection, but high titers suggest IE. Complementary PCR techniques may help to elucidate the final causative agent.

La endocarditis infecciosa(EI) asociada a Bartonella es un problema emergente a nivel mundial. Publicamos los 2 primeros casos de EI en válvula nativa asociados a Bartonella en Chile, los que afectaron a pacientes masculinos con historia de consumo de alcohol y bajos ingresos. La hospitalización fue provocada por pancitopenia y hemorragias en un caso y por un evento cerebrovascular en el otro. Se solicitó serología para Bartonella por inmunofluorescencia indirecta (IFI) para ampliar el estudio ante hemocultivos negativos y en ambos casos se reportaron resultados intensamente positivos para B. henselae y B. quintana1/16.384-1/16.384 y 1/32.768 -1/16.384, respectivamente). Los casos se clasificaron como eventos definitivos de EI según los criterios modificados de Duke debido a la presencia de vegetaciones valvulares con al menos 3 criterios menores. Un paciente requirió reemplazo valvular aórtico y sobrevivió, y el otro falleció tras una transformación hemorrágica masiva del infarto cerebral. La amplificación del ADN ribosomal 16S por RCP y posterior secuenciación de una muestra de tejido valvular confirmó la presencia de B. quintana. La EI por Bartonella sp. es un problema emergente en Chile, probablemente asociada a poblaciones desfavorecidas, la que debe ser sospechada en pacientes con cultivos negativos. La IFI no permite discriminar infecciones por B. henselae o B. quintana pero los títulos altos sugieren EI. Técnicas complementarias por RCP pueden ayudar a dilucidar el diagnóstico.

Caracterización clínica y epidemiológica de infección asociada a atención en salud por virus influenza en pacientes críticos / Clinical and epidemiological characterization of healthcare acquired influenza in critical ill patients

Resumen Introduccion: Las infecciones asociadas a atencion de salud (IAAS) aumentan la morbilidad y mortalidad. Durante 2014, en Hospital Clinico Red de Salud UC Christus (RS-UCCH) se estimo que 15% de las infecciones virales respiratorias fueron adquiridas durante la atencion de salud, siendo mas frecuente el virus influenza. Objetivos: Caracterizacion clinico-epidemiologica de IAAS por influenza en pacientes hospitalizados en unidades de pacientes criticos (UPC) y cuidados especiales. Material y Metodos: Estudio descriptivo. Se incluyeron pacientes en UPC y cuidados especiales con IAAS influenza entre 2014 y 2017 en RS-UCCH. IAAS por influenza se definio como: inicio de sintomas y/o RPC-TR positiva para virus influenza ≥ 48 h de ingreso hospitalario, sin sintomatologia respiratoria o estudio negativo previo. Resultados: Se identificaron 22 pacientes, edad mediana 74 anos. La influenza fue adquirida en promedio al dia 13; el 77% fue por influenza A y el 27% presento coinfeccion respiratoria. Trece (59%) estaban hospitalizados en UPC, dos (15%) por problemas pulmonares. El 86% tenia co-morbilidad y el 50% descompensacion de ella. No estaba vacunado 59%; la letalidad observada fue 18%. Conclusiones: IAAS por influenza ocurrio en pacientes cronicos, de mayor edad y no vacunados. Es primordial educar en prevencion de IAAS y mantener altas coberturas de vacunacion.

Background: Healthcare-associated infections (HAIs) increase morbidity and mortality. During 2014, at the Hospital Clinico Red de Salud UC Christus (RS-UCCH) it was estimated that 15% of respiratory viral infections were acquired during hospitalization and influenza A was more frequent. Aims: Clinical and epidemiological characterization of HAIs due to influenza virus in patients hospitalized in critical care units (CCU) and special care. Methods: Descriptive study. We included patients hospitalized in CCU and special care with hospital acquired influenza during 2014-2017. HAI due to influenza was defined as: symptom onset and/or positive influenza PCR after ≥ 48 hours of hospital admission, without previous respiratory symptoms or previous negative influenza test study. Results: 22 patients were identified, median age was 74 years. Influenza was acquired average on day 13. Influenza A was detected in 77% and 27% had respiratory co-infection. Thirteen (59%) were hospitalized in CCU, only 2 (15%) due to lung problems. Comorbidity was present in 86% and decompensation in 50%. Only 41% received influenza vaccine. The associated lethality was 18%. Conclusions: HAI due to influenza occurred in chronic, older and unvaccinated patients. Education about HAIs and continuous high vaccination coverage must be reinforced.

Parte I. Requerimientos básicos de infectología para hospitales que atienden pacientes hemato-oncológicos: ambiente hospitalario, protocolos diagnósticos y arsenal terapéutico. Fundamentación / Basic requirements of facilities for hospitals that treat hemato-oncological patients: hospital environment, diagnostic protocols and therapeutic arsenal

Resumen La atención de pacientes con cáncer, incluyendo los receptores de trasplantes de precursores hematopoyéticos, plantea numerosos desafíos para los hospitales que deben proveer ambientes seguros, en que se logre aminorar al máximo posible la exposición a patógenos que generan morbilidad y mortalidad. Al mismo tiempo deben contar con protocolos establecidos que permitan realizar un estudio racional de las posibles etiologías infecciosas que pueden presentar estos pacientes. A su vez, deben asegurar la existencia de un arsenal terapéutico adecuado, junto a algoritmos de tratamiento oportuno, actualizado según guías consensuadas y efectivo según la infección sospechada o confirmada. En este artículo se introducen algunos de los argumentos que sustentan estos requerimientos que luego se desarrollan en tres artículos sucesivos dedicados al ambiente hospitalario, protocolos diagnósticos y arsenal terapéutico.

The care of cancer patients, including recipients of hematopoietic stem cell transplantation, has numerous challenges for hospitals that must provide safe environments in which exposure to pathogens that generate morbidity and mortality is reduced at maximum. At the same time, they must have established protocols that allow a rational study of the possible infectious etiologies and the existence of an adequate therapeutic arsenal together with timely treatment algorithms, updated according to consensus guidelines and effective according to the suspected or confirmed infection. This article introduces some of the arguments that support these requirements, then that are developed in three successive articles dedicated to the hospital environment, diagnostic protocols and therapeutic arsenal.

Parte III. Apoyo del laboratorio de microbiología y anatomía patológica en el diagnóstico y manejo de infecciones en el paciente con cáncer y trasplante de precursores hematopoyéticos / Support of the laboratory of microbiology and pathological anatomy in the diagnosis and management of infections in cancer patients and transplantation of hematopoietic stem cell transplant receptors

Resumen El enfrentamiento del diagnóstico diferencial y etiológico de las enfermedades infecciosas de los pacientes con cáncer, incluyendo los receptores de trasplante de precursores hematopoyéticos (TPH), debe corresponder a una decisión informada, oportuna y que repercuta directamente en una conducta médica que determine una mejor sobrevida y calidad de vida de los pacientes. El objetivo de este trabajo fue aportar en el manejo de estos pacientes desarrollando una herramienta útil al médico clínico para tomar estas decisiones. Para ello se agruparon las infecciones por sistemas comprometidos diferenciando los posibles agentes etiológicos en bacterias, virus, hongos y parásitos, explicitando los exámenes diagnósticos más relevantes, mencionando la o las técnicas recomendadas, junto con el tipo de muestra óptima para su adecuado procesamiento. De manera adicional, se incorporó el ítem "nivel de requerimiento" para sugerir lo que, a juicio de los autores y la evidencia existente, debe estar presente obligatoriamente en el centro o puede ser derivable a otro laboratorio.

The confrontation of the differential and etiological diagnosis of the infectious diseases of cancer patients, including hematopoietic stem cells transplant (HSCT) recipients, must correspond to an informed, timely decision that directly affects medical behavior that determines a better survival and quality of life for patients. The main goal of this work was to contribute to the management of these patients developing a useful tool for the clinician to make these decisions. For that, infections were grouped by compromised systems, differentiating the possible etiological agents in bacteria, viruses, fungi and parasites, highlighting the relevant diagnostic tests, mentioning the recommended techniques together with the optimal sample type for proper processing. In addition, under each group of techniques we added the item "level of requirement" to suggest what, in the opinion of the authors and the existing evidence, must be mandatory to have at local level or can be derivable to another laboratory.

Parotiditis en Chile: caracterización clínica y molecular de dos casos en una población altamente inmunizada / Parotiditis in Chile: clinical and molecular characterization of two cases in a highly vaccinated population

Resumen El virus de la parotiditis produce una infección benigna caracterizada por un aumento de volumen parotídeo que, antes de la introducción de la vacuna tres vírica, afectaba principalmente a niños y adolescentes. Luego de que esta vacuna se implementara en el Programa Nacional de Inmunizaciones, se produjo una notable disminución en su incidencia. Además, ocasionó un cambio en la edad y presentación clínica, siendo más frecuente en adultos jóvenes con mayor riesgo de complicaciones. Presentamos dos casos clínicos de parotiditis en adultos jóvenes confirmados por serología y en uno de ellos, por biología molecular. Se caracterizó el virus como del genotipo G, como el descrito en los brotes en E.U.A y Europa, diferente al virus contenido en la vacuna. El virus parotídeo sigue circulando en nuestro país y debemos mantenernos alerta ante eventuales brotes. Se hace relevante optimizar el diagnóstico etiológico por serología o técnicas de biología molecular con fines clínicos y epidemiológicos.

Mumps virus usually produces a benign infection characterized by increased parotid volume which, prior to vaccination, mainly affected children and adolescents. After the introduction of measles, mumps and rubella (MMR) vaccine, mumps incidence decreased dramatically. This intervention also produced a change in its clinical presentation, moving to young adult patients, with an increased risk of complications. We report two clinical mumps cases in young adults with different clinical presentations. In both cases, serologic assays were assessed and, in one case, a polymerase chain reaction (PCR) was performed in order to confirm the diagnosis. The isolated virus was characterized and identifed as G genotype, the same genotype observed during outbreaks in United States and Europe, and different to the vaccinal strain. Mumps virus is currently circulating in Chile and it is important to be aware of possible outbreaks. Viral diagnosis can be difficult, particularly in populations with high vaccination coverage. Therefore, the access to etiologic study through PCR and serology becomes more relevant in order to optimize clinical management and secondary prevention measures.

Estrategias para reducir infecciones, uso de antimicrobianos y sus efectos en una unidad de neonatología / Strategies to reduce infections and antibiotic use and its effects in a neonatal care unit

Introduction: Late onset sepsis (LOS) remains an important cause of morbidity and mortality in neonatal intensive care units (NICU). The empirical use of vancomycin and other broad spectrum antibiotics is very frequent and is associated with the emergence of resistant agents, infection by gram-negative bacilli (GNB), fungal infections and increased morbidity and mortality. Objective: To evaluate the impact of 5 intervention protocols designed to reduce infections and promote the rational use of antibiotics (AB) in a single NICU. Patients and Method: Retrospective analysis included all hospitalized patients before (year 2012) and after interventions (August 2013 through July 2014). All episodes of positive cultures (blood, urine, tracheal and spinal fluid) were considered as late onset infections. Results: After intervention, a significant decrease of late onset infections was observed from 14.3 to 8.5 per 1,000 live births (p < 0.01); with a decrease in LOS from 5.7 to 2.9 per 1,000 live births, although no significant. There was a decrease in vancomycin and 3rd generation cephalosporin use without Candida spp infections in the intervention period. Mortality rates and length of hospital stay were similar in both study periods. Conclusion: After interventions, there was an important reduction in overall late onset infections and AB related costs.

Introducción: La sepsis tardía sigue siendo una causa importante de morbilidad y mortalidad en las unidades de cuidados intensivos neonatales. El uso de vancomicina y otros antimicrobianos de amplio espectro es frecuente y se asocia a la aparición de agentes resistentes, infecciones por bacilos gramnegativos, infecciones por hongos y una mayor morbimortalidad. Objetivo: Evaluar el impacto de cinco protocolos de intervención para reducir la incidencia de infecciones y promover el uso racional de antimicrobianos. Pacientes y Método: Análisis retrospectivo pre (control) y post intervenciones. Se revisaron todos los episodios de infecciones con cultivos positivos (sangre, orina, tráquea y líquido cefalorraquídeo) en pacientes hospitalizados entre enero de 2012 y junio de 2014. Resultados: Después de la intervención, hubo una disminución significativa en las infecciones tardías de 14,3 a 8,5 por 1.000 RNV (p < 0,01); con disminución de la sepsis tardía de 5,7 a 2,8 por 1.000 RNV, sin alcanzar significancia estadística. Hubo una disminución significativa del uso de vancomicina y de cefalosporinas de tercera generación, así como la desaparición de infecciones por Candida spp. La mortalidad y la estadía hospitalaria fueron similares en ambos períodos. Conclusión: Al incorporar estas intervenciones, se logró una disminución significativa de las infecciones tardías y de los costos asociados al uso de antimicrobianos.

Infección del sitio quirúrgico en niños sometidos a cirugía cardíaca con cierre esternal diferido: estudio de casos y controles / Surgical site infections in children undergoing cardiac surgery with delayed sternal closure: case-control study

Introduction: Surgical site infections (SSI) are an important cause of morbidity in pediatric cardiac surgery. Risk factors in patients requiring delayed sternal closure (DSC) are unknown. Aim: To report the rate of SSI in children undergoing cardiac surgery with DSC and determine the risk factors. Methodology: A retrospective case-control study, in patients younger than 15 years old undergoing cardiac surgery with DSC in our center between 2009 and 2010. SSI was diagnosed according to the criteria of the nosocomial infections committee of our institution, based on international recommendations. Univariate and multivariate analysis of variables was performed. A p < 0.05 was considered significant. Results: 58 patients were included; the average age was 9.5 days. The most frequent diagnosis were transposition of the great arteries (36%) and hypoplastic left heart syndrome (27%). 13 patients had SSI (22%); 11 incisional and 2 mediastinitis. It was independently associated to SSI by-pass (BP) time longer than 200 min (OR adjusted = 9,53; IC 95% 1,37-66,35) and mechanical ventilation (MV) more than 5 days (OR adjusted = 8,98; IC 95% 1,16-69,40). Conclusion: The duration of BP and MV are risk factors of SSI in children undergoing cardiac surgery with DSC.

Introducción: Las infecciones del sitio quirúrgico (ISQ) son importante causa de morbilidad en cirugía cardíaca pediátrica. Los factores de riesgo en pacientes que requieren cierre esternal diferido (CED) se desconocen. Objetivos: Reportar la tasa de ISQ en niños sometidos a cirugía cardíaca con CED y determinar factores de riesgo de ISQ. Metodología: Estudio retrospectivo de casos y controles en pacientes bajo 15 años de edad, sometidos a cirugía cardíaca con CED, en los años 2009 y 2010. Se consideró casos aquellos con ISQ diagnosticada según criterios del comité de IAAS local. Se realizó análisis uni y multivariado de las variables. Se consideró significativo un p < 0,05. Resultados: Se incluyeron 58 pacientes; la mediana de edad fue 9,5 días. Diagnósticos más frecuentes fueron transposición de grandes arterias (36%) e hipoplasia de ventrículo izquierdo (27%). Trece pacientes presentaron ISQ (22%); 11 incisionales y 2 me-diastinitis. Se asociaron de manera independiente a ISQ: circulación extracorpórea (CEC) mayor a 200 min (OR ajustado = 9,53; IC 95% 1,37-66,35) y ventilación mecánica invasora (VMI) más de 5 días (OR ajustado = 8,98; IC 95% 1,16-69,40). Conclusión: La duración de CEC y VMI son factores de riesgo de ISQ en niños sometidos a cirugía cardíaca con CED.

Parechovirus como agente etiológico de meningitis y/o sepsis viral en lactantes / Parechovirus as etiologic agent of meningitis and/or sepsis like illness in infants

Introduction: Human parechovirus (HPeV) belongs to the Picornaviridae family and has been described in viral meningoencephalitis and sepsis like illness in infants. Until now, 16 genotypes have been recognized, the most common are HPEV 1, 2 and 3; type 3 is most severe. Aims: To estimate the frequency of HPEV etiology in viral meningoencephalitis and sepsis in infants and characterize clinical and molecular aspects of infection. Methods: Between October 2013 and March 2015 we collected CSF samples, plasma, nasopharyngeal swabs and/or stools of patients younger than two years with suspected sepsis and/or viral meningitis. Samples were obtained from laboratory storage sites and from hospitalized patients. HPeV was diagnosed by real-time polymerase chain reaction (PCR) assay against the 5'UTR region. Positive samples were genotyped by sequencing a 304pb segment in VP3/VP1 overlapping region obtained with a nested PCR. Results: Overall HPeV detection rate was 18,6% (11/59 patients), distributed in 8.7% (4/46) laboratory's samples and 53.8% (7/13) of samples from hospitalized patients; mean age was 49 days (SD?). Most common clinical signs were irritability (%), inappetance and fever (algo mas? Magnitude? %). All six samples genotyped were HPeV 3. Conclusions: HPeV should be considered as a relatively significant etiologic agent of viral meningoencephalitis and sepsis in infants.

Introducción: Parechovirus humano (HPeV) pertenece a la familia Picornaviridae; ha sido descrito en sepsis viral y meningoencefalitis en niños de dos años o menos (lactantes). Se conocen 16 genotipos, siendo los más frecuentes HPeV 1, 2 y 3; el más grave es el tipo 3. Objetivos: Estimar la frecuencia de HPeV como agente causal de meningoencefalitis o sepsis viral en lactantes; caracterizar clínica y molecularmente los HPeV encontrados. Material y Métodos: Estudio descriptivo. Se utilizaron muestras de LCR, plasma, hisopado nasofaríngeo y/o deposiciones de lactantes con sospecha de sepsis y/o meningoencefalitis viral entre octubre 2013 y marzo 2015. Se estudiaron muestras almacenadas en laboratorio y de pacientes hospitalizados. Como diagnóstico, se realizó RPC-TR en tiempo real para HPeV dirigido a sector 5'UTR. Para la caracterización molecular, se secuenció un sector de 304 pb en unión VP3/VP1 mediante una RPC-TR anidada. Resultados: Se reclutó un total de 59 pacientes con frecuencia de HPeV de 18,6% (11/59), correspondientes a 8,7% (4/46) en muestras de colección y 53,8% (7/13) en hospitalizados, edad promedio 49 días. En la presentación clínica destacó la irritabilidad, el rechazo alimentario y la fiebre. Seis casos fueron genotipificados, todos correspondieron al tipo HPeV 3. Conclusiones: HPeV debe ser considerado como agente causal en sepsis y/o meningoencefalitis en lactantes.

Tratamento bem-sucedido da síndrome cardiopulmonar por hantavírus com uso de hemofiltração de alto volume / Hantavirus cardiopulmonary syndrome successfully treated with high-volume hemofiltration

RESUMO A síndrome cardiopulmonar por hantavírus tem elevada taxa de mortalidade. Sugere-se que uma conexão precoce com oxigenação por membrana extracorpórea melhore os resultados. Relatamos o caso de uma paciente que apresentou síndrome cardiopulmonar por hantavírus e choque refratário, que preenchia os critérios para oxigenação por membrana extracorpórea e que teve resposta satisfatória com uso de hemofiltração contínua de alto volume. A implantação de hemofiltração contínua de alto volume, juntamente da ventilação protetora, reverteu o choque dentro de poucas horas e pode ter levado à recuperação. Em pacientes com síndrome cardiopulmonar por hantavírus, um curso rápido de hemofiltração contínua de alto volume pode ajudar a diferenciar pacientes que podem ser tratados com cuidados convencionais da unidade de terapia intensiva dos que necessitarão de terapias mais complexas, como oxigenação por membrana extracorpórea.

ABSTRACT Hantavirus cardiopulmonary syndrome has a high mortality rate, and early connection to extracorporeal membrane oxygenation has been suggested to improve outcomes. We report the case of a patient with demonstrated Hantavirus cardiopulmonary syndrome and refractory shock who fulfilled the criteria for extracorporeal membrane oxygenation and responded successfully to high volume continuous hemofiltration. The implementation of high volume continuous hemofiltration along with protective ventilation reversed the shock within a few hours and may have prompted recovery. In patients with Hantavirus cardiopulmonary syndrome, a short course of high volume continuous hemofiltration may help differentiate patients who can be treated with conventional intensive care unit management from those who will require more complex therapies, such as extracorporeal membrane oxygenation.

Detección precoz de infección por citomegalovirus en pacientes sometidos a trasplante alogéneico de precursores hematopoyéticos por reacción de polimerasa en cadena cuantitativa en tiempo real / Early detection of cytomegalovirus infection in allogeneic hematopoietic stem cell transplant patients by real time-quantitative PCR

Introduction: CMV pp65-antigenemia (antigenemia) has been used for monitoring CMV viremia in allogeneic hematopoietic stem cell transplant (aHSCT) recipients. Recently, real time quantitative PCR (RT-qPCR ) has been used as a better approach than antigenemia for CMV diagnosis. The objective of this study was to assess the correlation of CMV viremia between RT-qPCR and antigenemia in aHSCT patients. Material and Methods: Observational prospective study of all aHSCT patients during 10 months in our center. CMV RT-qPCR in whole blood was performed weekly from day +7 to +100 after aHSCT. Simultaneous antigenemia was performed from engrafment to day +100. Concordance between both assays was evaluated. Results: Eighteen patients were included. In 120 simultaneous samples, 96 were concordant by both methods (80%). Kappa coefficient was 0.583. In 42% of cases without concordant results, patients were on antiviral therapy. Thirteen patients (72%) developed CMV infection (20 episodes). In 17 episodes, both the antigenemia and CMV RT-qPCR were positive. CMV RT-qPCR was detectable 1-2 weeks before antigenemia in 45% of the episodes. Conclusion: Both methods had a moderate concordance and CMV RT-qPCR detects CMV reactivations earlier than antigenemia, especially in neutropenic patients.

Introducción: La antigenemia pp65 (antigenemia) ha sido utilizada para monitorizar viremia de citomegalovirus (CMV) en pacientes sometidos a trasplantes alogeneicos de precursores hematopoiéticos (TPHa). Recientemente, la reacción de polimerasa en cadena cuantitativa en tiempo real (en inglés RT-qPCR) se ha usado como una mejor aproximación al diagnóstico de infección por CMV. El objetivo de este estudio fue evaluar la correlación de viremia por CMV a través de RT-qPCR con antigenemia, en pacientes que han recibido TPHa. Material y Métodos: Estudio prospectivo, observacional, de los pacientes sometidos a TPHa durante 10 meses. Se realizó RT-qPCR de CMV en sangre total semanalmente desde el día +7 al+100 después del trasplante y antigenemia en forma simultánea desde el prendimiento hasta el día +100. Se evaluó la concordancia entre ambos ensayos. Resultados: Dieciocho pacientes fueron incluidos. En 120 muestras simultáneas, 96 fueron concordantes por ambos métodos (80%). El coeficiente Kappa fue 0,583. En los casos no concordantes, el 42% se encontraba en terapia antiviral. Trece pacientes (72%) desarrollaron infección por CMV (20 episodios). En 17 episodios, ambos ensayos fueron positivos. La carga viral fue detectable 1-2 semanas antes que la antigenemia en 45% de los episodios. Conclusión: Existe una buena correlación entre ambas técnicas y la RT-qPCR detecta más precozmente que la antigenemia las reactivaciones de CMV, especialmente en pacientes neutropénicos.

Infecciones asociadas a la atención en salud (IAAS) en pacientes pediátricos post-operados de cardiopatías congénitas / Nosocomial infections after cardiac surgery in infants and children with congenital heart disease

Introduction: Nosocomial infections generate high morbidity and mortality in children undergoing cardiac surgery. Objective: To determine risk factors for nosocomial infections in children after congenital heart surgery. Methods: A retrospective case-control study, in patients younger than 15 years undergoing surgery for congenital heart disease from January 2007 to December 2011 admitted to the Pediatric Critical Patient Unit (UPC-P) in a university hospital. For cases, the information was analyzed from the first episode of infection. Results: 39 patients who develop infections and 39 controls who did not develop infection were enrolled. The median age of cases was 2 months. We identified a number of factors associated with the occurrence of infections, highlighting in univariate analysis: age, weight, univentricular heart physiology, complexity of the surgical procedure according to RACHS-1 and cardiopulmonary bypass (CPB) time ≥ 200 minutes. Multivariate analysis identified CPB time ≥ 200 minutes as the major risk factor, with an OR of 11.57 (CI: 1.04 to 128.5). Conclusion: CPB time ≥ 200 minutes was the mayor risk factor associated with the development of nosocomial infections.

Introducción: Las infecciones asociadas a la atención en salud (IAAS) generan elevada morbilidad y mortalidad en niños sometidos a cirugía cardíaca. Objetivo: Determinar factores de riesgo que inciden en la ocurrencia de IAAS en niños operados de cardiopatías congénitas. Métodos: Estudio retrospectivo de casos y controles, en pacientes menores de 15 años sometidos a cirugía por cardiopatías congénitas desde enero 2007 a diciembre 2011 admitidos en la Unidad de Paciente Crítico Pediátrico (UPC-P) de un hospital universitario. Para los casos, se analizó la información del primer episodio de infección. Resultados: Se enrolaron 39 pacientes con IAAS y 39 controles operados que no desarrollaron infección. La mediana de edad de los casos fue 2 meses. Se identificó una serie de factores asociados a la ocurrencia de IAAS, destacando en el análisis univariado: edad, peso, fisiología cardíaca tipo univentricular, complejidad del procedimiento quirúrgico según RACHS-1 y tiempo de circulación extracorpórea (CEC) ≥ 200 min. El análisis multivariado identificó al tiempo de CEC ≥ 200 min como el principal factor de riesgo, con un OR de 11,57 (IC: 1,04-128,5). Conclusión: El tiempo de CEC ≥ 200 min fue el factor de riesgo más asociado al desarrollo de IAAS en niños operados de cardiopatías congénitas.

Exactitud y utilidad diagnóstica de la IgM en infecciones por Bartonella henselae / Accuracy and diagnostic utility of IgM in Bartonella henselae infections

Introduction: Laboratory diagnosis of cat scratch disease (CSD) is based on the determination of specific antibodies anti-Bartonella henselae by different techniques. The CDC recommends IgG by immunofluorescent assay (IFA) as the gold standard. Objective: To determine the accuracy and diagnostic utility of anti-B.henselae IgM by IFA for CSD. Material and Methods: Anti-B. henselae IgG was determined in serum of 108 patients with CSD suspicion; in addition, specific IgM was determined separately and blindly by two thoroughly trained laboratory professionals. We calculated sensitivity (S), specificity (Sp), predictive values both positive (PPV) and negative (NPV), and likelihood ratio (LR) for IgM positive (LR +) and negative (LR-). Results: In 37 patients with positive anti-B.henselae IgG, IgM was positive in 16 and negative in 21; in 71 patients with negative IgG, IgM was negative in 69 and positive in 2. Therefore, IgM showed S 43%, E 97%, PPV 88%, NPV 77%, LR (+) 15 and LR (-) 0.58. Conclusions: The results show that a positive IgM supports, but a negative one does not rule out a B. henselae infection. Therefore, IgG should be still considered as the gold standard for the diagnosis of CSD.

Introducción: El diagnóstico de laboratorio de la enfermedad por arañazo de gato (EAG) se basa en la determinación de anticuerpos específicos anti-Bartonella henselae por distintas técnicas. El CDC de E.U.A. recomienda como estándar de oro la IgG mediante inmunofluorescencia (IF). Objetivo: Determinar la exactitud y utilidad diagnóstica de la IgM anti-B. henselae por IF para EAG. Material y Método: En suero de 108 pacientes a quienes se realizó IgG anti-B. henselae por sospecha de EAG, se determinó la presencia de IgM específica, en forma separada y ciega por dos profesionales de laboratorio ampliamente entrenados. Se calculó sensibilidad (S), especificidad (E), valores predictores positivo (VPP) y negativo (VPN) y likelihood ratio (LR) para una IgM positiva (LR+) y negativa (LR-). Resultados: En 37 pacientes con IgG anti-B. henselae positiva, la IgM fue positiva en 16 y negativa en 11; en 71 pacientes con IgG negativa, la IgM fue negativa en 69 y positiva en 2. Por consiguiente, la IgM presentó S 43%, E 97%, VPP 88%, VPN 77%, LR(+) 15 y LR(-) 0,58. Conclusiones: Los resultados sugieren que una IgM positiva apoya el diagnóstico de EAG, pero una negativa no permite descartarlo. Por tanto, la IgG debe seguir considerándose como el estándar de oro para el diagnóstico de infecciones por B. henselae.